MUESTRAS DEGRADAS - MARCADORES FORENSES COMUNES II

Procedimientos sobre como investigar la viabilidad de la tecnología de secuenciación de nueva generación ( NGS ) para la detección y la secuencia de producción múltiplex de repeticiones cortas en tándem ( STR ) a partir de muestras la cantidad de ADN degradadas y bajas , los métodos de amplificación de la reacción en cadena de la polimerasa estándar se utilizan para enriquecer para los marcadores STR comúnmente empleados . 

Los avances sobre como analizar muestras - evidiencias degradadas, se ha publicado referente a las muestras fueron amplificados con dos estrategias de multiplexación : un multiplex que contiene trece marcadores miniSTR y una serie de multicines que contienen cuatro marcadores miniSTR cada uno. Cada multiplex muestra se barcoded con un identificador múltiplex muestra específica (MID ) para su posterior secuenciación paralela etiquetados en el Sistema GS junior ( 454 Life Sciences , una compañía de Roche, Branford , CT). Resultados de la secuenciación de más de cincuenta extractos de ADN que representan a ambas muestras prístinas y muestras de pruebas de baja calidad se refleja genotipos conocidos y fueron consistentes a través de múltiples extractos y / o ampliaciones de la misma muestra . Además , los datos de NGS revelaron información de la secuencia no está disponible con la detección basada en electroforesis capilar estándar solo . 

Para las muestras de población analizados, un total de 152 polimorfismos de nucleótido único (SNP ) o inserciones / deleciones ( indeles) fueron identificados en más de 935 alelos recuperados , promediando un polimorfismo por cada seis alelos recuperados. Para tres de los loci , la información de la secuencia se duplicó el número de alelos detectados a través de la tipificación STR tradicional mediante análisis de fragmentos . Además , veintiocho de estas variantes sólo se vieron una vez dentro de nuestra base de datos , destacando el potencial de discriminación entre los individuos.

 Estos datos adicionales es probable que sean particularmente valiosa en las personas desaparecidas y los casos de identificación de víctimas de desastres para los que sólo perfiles parciales pueden ser recuperados y / o solamente parientes lejanos están disponibles como referencias. Y , teniendo en cuenta la oportunidad de apuntar sólo pequeñas amplicones con NGS , este tipo de tipificación STR permitirá una mayor información sobre la recuperación de impugnar las muestras de manejo de casos .

Si bien los resultados ponen de relieve el potencial de las nuevas tecnologías para la recuperación de información genética discriminatoria a partir de muestras de prueba , nuestros datos también revelan las complejidades de la tipificación STR basado en NGS , tanto en términos de los mismos , así como el procesamiento y análisis de datos posteriores ensayos de laboratorio.